Mae nifer o afonydd pwysig yn codi ym mynyddoedd Fforest Fawr fel nentydd sy’n llifo’n gyflym.
Mae gan lawer o’r afonydd hanesion cymhleth, a thorrwyd ar draws eu llifoedd gan rewlifau ar fwy nag un achlysur, gyda’r iâ’n dyfnhau eu cymoedd ac yn dargyfeirio eu cyrsiau. Mae afonydd y Geoparc yn cynnwys:
- Yn nalgylch Afon Tywi: Afon Sawdde, Afon Gwydderig, Afon Cennen
- Yn nalgylch Afon Tawe: Afon Twrch, Afon Giedd, Nant Llech
- Yng ngorllewin y Geoparc: Afon Llwchwr, Afon Aman
- Yn nalgylch Afon Wysg: Afon Crai, Afon Senni, Afon Tarell, Afon Cynrig
- Yn nalgylch Afon Nedd: Nedd Fechan, Afon Mellte, Afon Hepste, Afon Pyrddin, Sychryd
- Mae afonydd Taf Fawr a Thaf Fechan yn nwyrain yr ardal
Mae nentydd yr ucheldiroedd yn llifo’n gyflym ac mae adar megis pibydd y dorlan a bronwen y dŵr yn gymharol gyffredin.
Mae nodweddion dŵr eraill yn cynnwys nifer o gronfeydd dŵr a llynnoedd rhewlifol bach megis
- Llyn y Fan Fach,
- Llyn y Fan Fawr
- Llyn Cwm Llwch.
Mae’r afonydd a’r llynnoedd hyn hefyd yn darparu cynefinoedd ar gyfer y brithyll brown, eog yr Iwerydd sy’n bwrw grawn, cimwch afon crafanc wen a dyfrgwn.
Mae llynnoedd bach a phyllau’n ymddangos mewn lleoedd megis Mynydd Illtud ac ar Gefn Llechid, weithiau’n digwydd mewn pantiau caregog er bod llawer wedi llenwi yn ystod y milenia i ddod yn gorsydd – sydd yr un mor werthfawr ar gyfer bywyd gwyllt ond sy’n cynnal cymysgedd gwahanol o rywogaethau planhigion ac anifeiliaid.